不能說蘇聯與美國和西方的戰時同盟關係沒有缺陷，更不能否定美蘇之間在戰時就出現了分歧和矛盾。但是總體來講，羅斯福總統掌管白宮期間，在美國政府和國會中，主張對蘇友好合作的傾向始終佔據美國政治的主導地位。在羅斯福眼中，美蘇關係甚至重於英美關係，道理很簡單——反法西斯戰爭歐洲戰場的主力是蘇聯。惟其如此，在「華沙起義」問題上，美國才勸導和壓服英國容忍了蘇聯紅軍「袖手旁觀」的行為；在雅爾塔會議討論波蘭問題時，羅斯福才站在斯大林一邊化解了蘇英之間的激烈爭執。隨着戰爭走向勝利，蘇聯與英美之間的猜忌不斷加劇，如戰俘處理問題、情報交換問題、機場使用問題等，最典型、最嚴重的莫過於「伯爾尼事件」——英美軍方代表在瑞士與德國代表談判意大利北部戰場德軍投降事宜，蘇聯懷疑西方盟國陰謀與納粹單獨媾和，以加強歐洲東部戰場對蘇軍的壓力。直到羅斯福親自出面反覆解釋和保證，才打消了斯大林的疑慮。4 月 11 日，伯爾尼事件劃上了句號。儘管如此，羅斯福處理的美蘇關係中這最後一件麻煩事，使他對未來盟國團結合作的信心受到沉重打擊。
1945 年 4 月 12 日羅斯福去世，對於開始動搖的美蘇關係不啻雪上加霜，甚至可以認為這是導致美國國內政治迅速右轉的重大因素。民主黨長期執政早已引起共和黨的忌恨，羅斯福政府的親蘇政策在國會兩院也一直有人質疑，但是戰爭需要白宮有一個強勢掌舵人。隨着戰爭進入尾聲，美國右翼政治勢力和反蘇反共傾向日益抬頭。羅斯福在參加其第四次競選美國總統時，放棄比他更加左傾的華萊士，而選擇民主黨右翼代表杜魯門做搭檔，就已經可以看出美國政治改變的苗頭。杜魯門入主白宮後不久，大量更換主要政府官員，逐漸改變羅斯福的政策，並且由於意識形態的偏見，往往過度甚至錯誤地理解和認知蘇聯的戰略意圖。在這種情況下，美蘇之間的分歧和矛盾進一步爆發出來，但其結果顯示，美蘇關係並非沒有迴轉的餘地。
德國宣佈投降的第二天（1945 年 5 月 9 日），美國在沒有任何預告的情況下突然對蘇聯採取了中止租借援助的舉措，甚至召回已在途中的運輸船隻。儘管從法律的角度講美國的租借政策只適用於戰時，而造成混亂的主要原因則在於執行官員的反蘇情緒，但白宮無視羅斯福對蘇聯「無條件援助」的方針，絲毫不顧及盟國感情和尊嚴的處事方式，嚴重刺激和傷害了斯大林。蘇聯對美國新政府戰後對蘇政策的懷疑和擔憂由此而生。然而，杜魯門馬上採取補救措施，緊急派遣已病入膏肓的前羅斯福私人顧問霍普金斯訪問莫斯科，當面向斯大林解釋和道歉。結果是，不僅租借援助在對日作戰中繼續進行，而且在戰事結束後不久（10 月 15日），美蘇簽署「管道」協議，以租借貸款方式解決了對蘇租借剩餘物資的生產和運輸問題。租借是美蘇戰時合作的基石，現在似乎也可以成為戰後美蘇和平相處的起點。
杜魯門政府對原子彈問題的處理方式也大大加深了蘇聯對美國的不信任感。作為共同對日作戰的盟國，對原子彈試驗成功這一非常敏感的消息，美國費盡心機，既要讓蘇聯人知道情况，又不想讓他們感到是在施加壓力，但斯大林對此却非常敏感。特別是在日本本土投放原子彈這一重大的軍事舉措，美國事先竟未對蘇聯透露半點風聲。原子彈是威力空前的毀滅性武器，當蘇聯極大地加強了軍事和政治實力，並通過獲取勢力範圍建立起「縱深防禦」，從而擺脫了「孤島意識」時，美國這種「原子外交」的做法無異於暗中向蘇聯表明，其剛剛取得的戰略優勢在原子彈面前將盪然無存。正如美國駐蘇聯大使哈里曼正確地指出的，原子彈對蘇聯是一種「心理」壓力，使他們「恢覆了以往的危機感」。英國大使館公使銜參贊 F. 羅伯茨也認為，「原子彈的陰影使我們（指西方與蘇聯——引者）的關係變得暗淡了」。為了安撫蘇聯，美國在 1945 年底的莫斯科會議期間呼籲國際原子能合作，否認美國「利用原子彈作為對任何國家的外交或軍事威脅」的傳言。蘇聯則接受了美國的建議，同意在聯合國成立一個原子能委員會。
對日本的佔領和管制突出地表現出美蘇戰後在遠東地區矛盾和分歧。在斯大林看來，雅爾塔密約確認了蘇聯在遠東地區北緯三十八度線以北的勢力範圍，這不僅包括外蒙古、中國東北和千島羣島，而且應該擴展到日本本土。因此，當美國提出以三八線為界確定美蘇雙方在朝鮮半島的受降區域時，斯大林毫不猶豫就答應了，儘管此時蘇軍先頭部隊已經到達漢城。但同時，蘇聯提出三八線應向東延伸，即允許蘇軍在日本本土北海道登陸，卻遭到美國拒絕。杜魯門此時已下定決心：「對日本的佔領不能重蹈德國的覆轍」，不允許再出現分區佔領的情況。對日本的管制當然也決不能讓蘇聯染指。蘇聯在 1945 年 9 月倫敦外長會議上建議成立由四大國組成的對日管制委員會，美國堅決反對。會後雙方反覆討論，沒有結果。直到 12 月的莫斯科外長會議，才決定成立由十幾個國家組成的遠東委員會，僅負責有關日本投降書中涉及事務的政策和原則的制定，委員會不得干預在日本的軍事行動和領土調整，尊重美國在日本的現有管制機制。同時成立一個由美國成員擔任總司令的盟國委員會，而總司令是盟國唯一能在日本行使行政權力的人。蘇聯雖有發言權，但實際上已經被排除在對日佔領和管制之外。斯大林對此不滿，也只能接受。
與日本相比，從地緣政治角度考慮，斯大林更重視東歐和巴爾幹。但就是在這個西方認可的勢力範圍內，美蘇關係也遇到了麻煩。美國並不否認由蘇聯「管轄」東歐，但是雅爾塔會議公佈的《關於被解放的歐洲的宣言》在談到歐洲秩序的確立時，強調應通過自由選舉建立民主的政府。斯大林接受了這一原則，也的確在東歐各國建立了「聯合政府」，不過前提是該政府必須是親蘇的和蘇聯能夠控制的。杜魯門政府則要求東歐和巴爾幹成為「開放的領域」，並以此為藉口遲遲不承認在蘇軍佔領下成立的匈牙利和巴爾幹各國政府。波茨坦會議沒有解決這個問題，倫敦會議吵得更兇，蘇聯外長莫洛托夫甚至以退出外長會議相要挾。直到1945 年底的莫斯科會議，雙方才各讓一步，達成妥協：美國同意與羅馬尼亞、保加利亞和匈牙利簽訂和平條約，蘇聯同意與意大利簽訂和約，並放棄在日本問題上的爭論。蘇聯於 1945 年 11 月出人意料地接受美國提議，同意從捷克斯洛伐克撤出佔領軍。這一舉動說明，必要時，即使在東歐問題，斯大林也會審時度勢做出讓步的姿態。
如果以為蘇聯在安全問題上憑藉軍事佔領的優勢而態度強硬，但在經濟問題上因有求於美國就會輕易讓步，那就錯了。受到美國法律的限制，蘇聯為戰後重建向美國提出的經濟援助要求在戰時只能通過租借貸款的方式來滿足。戰爭剛一結束，哈里曼就通知蘇聯政府，美國進出口銀行準備向蘇聯提供信用貸款。然而，儘管財政部長摩根索堅持對蘇貸款應給予優惠條件，而蘇聯也已經基本接受此前談判時美方提出的標準，美國還是提出了新的貸款條件：將東歐言論自由和民主選舉作為對蘇信用貸款的政治前提。蘇聯迫切需要美國的貸款，但絕不考慮那些「侮辱性的」條件。1946 年初，美蘇貸款談判在一種不祥的氣氛中艱難地開始了。
戰後對德國的佔領政策是美蘇關係中最敏感的問題之一，雙方都採取了比較謹慎的政策，而美蘇各自駐德軍事管制機構的態度則更加寬容。蘇聯在蘇佔區採取單邊行動，肆無忌憚地搶奪「戰利品」，引起美國強烈不滿；美國堅持並強行將賠償委員會從莫斯科遷至柏林，也遭到蘇聯的反對。但是美蘇雙方都不願意在德國問題上撕破臉皮，1946 年 1 月初，在蘇方談判代表和專家組的堅持下，莫斯科同意在德國戰後工業水平談判中的「核心問題」鋼鐵產量標準上做出讓步，對德統一賠償計劃的制定露出一線曙光。
為了戰後世界的穩定、和平、發展，大國領袖們設計了安全和經濟兩個運作系統，即聯合國安全理事會和布雷頓森林體系（最初包括國際貨幣基金組織、國際復興開發銀行和國際貿易組織）。國際安全組織雖也遇到阻力，最後經大國之間的妥協還是成功建立起來了。國際經濟組織的情況就不一樣了。1944 年 7 月蘇聯代表在布雷頓森林會議簽署了加入國際貨幣基金組織和復興開發銀行的協定，這令美國人興奮不已。隨着戰後美蘇分歧的擴大，特別是蘇聯在經濟理論上陷入誤區（對計劃經濟體制盲目自信、認為資本主義經濟危機即將到來），莫斯科宣佈暫不加入世界經濟組織。對此，雖然艾奇遜和國務院很多經濟顧問還主張給予蘇聯經濟幫助，以促其加入國際貿易體系，但多數美國人對蘇聯立場的出發點感到困惑、不解和懷疑。
總體看來，到 1945 年和 1946 年之交，從政治到經濟，從歐洲到遠東，美蘇之間的分歧和矛盾已經在各方面顯露出來，彼此都有受到威脅的感覺，其猜忌和不滿正在加深。不過，在政策趨向強硬和生硬的同時，戰後大國合作的總方針尚未放棄，為此雙方在這個或那個問題均有所妥協和讓步，因此才有莫斯科會議令人產生希望的結局。然而，1946 年初的兩篇公開講話和一封祕密電報，又使得美蘇之間的緊張氣氛突然升溫。
